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| ［摘要］目的 发现新的CXCR4抑制剂，进一步对筛选出的抑制剂与CXCR4的分子结合模型进行分析．方法 以CXCR4为靶点，应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx对ZINC数据库中的化合物进行虚拟筛选．CXCR4晶体结构（PDB ID：3ODU）从PDB下载，通过AutoDockTools 对结构进行处理．化合物的三维结构从ZINC数据库下载，通过虚拟筛选工具PyRx导入，转换成pdbqt格式．PyRx运行AutoDock Vina以后，筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析，数据处理用PyMOL完成．结果 经过高通量虚拟筛选，从ZINC数据库中大约2万个化合物中得到1 000个类药小分子化合物数据库，再从中进一步筛选靶向CXCR4的抑制剂．经过对建立的化合物数据库的3轮筛选，发现了5个高活性的CXCR4抑制剂．结论 应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx，以CXCR4为靶点，对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选，发现5个新的CXCR4抑制剂． |
| 关键词: ［关键词］CXCR4 抑制剂 虚拟筛选 PyRx |
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